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Sommaire de cette page

>>> Antiquité

>>> 1000 à 1800 – Les prémisses

>>> 1800 – Les pionniers

>>> 1900 – Vers la modélisation mathématique

>>> 1970 – Les ordinateurs

>>> 2015 – Bilan et perspectives

 

 

 

 

Phyllotaxie - Historique

 

Principales étapes de la recherche en phyllotaxie.

Recherche de la modélisation unificatrice.

 

Cette page décrit les étapes chronologiques.

Pour une vison thématique voir les pages développements.

 

 

 

Phyllotaxie – Historique

Grandes périodes.

France, Allemagne et Royaume-Uni

 

*    1400 et 1500: observation des formes;

*    1500 à 1700: caractérisation des formes;

*    1700 et ensuite: modélisation géométrique;

*    1800 et ensuite: études expérimentales;

*    fin 1800: interprétation et explications; et

*    mi 2000: modélisation mathématique avec ordinateurs.

 

Antiquité

On reconnait une certaine régularité dans l'organisation des feuilles.

Lee Égyptiens connaissent le nombre d'or, inscrit sur la grande pyramide. On peut imaginer qu'ils avaient observé ce nombre présent dans l'organisation des plantes

300 av. J.-C.

Théophraste

Histoire des plantes et Causes des plantes.

77

Pline l'Ancien

Histoire naturelle (trente-sept volumes) – La partie botanique est considérable.

1202

Leonardo Fibonacci

Découvre la suite de Fibonacci en comptant les lapins qui se reproduisent. Cette suite de nombres, avec ses cousins, le nombre d'or et l'angle d'or, vont prendre de l'importance en phyllotaxie.

1503

Léonard de Vinci

Observe la forme spiralée de la croissance des plantes.

La sixième feuille est toujours au-dessus de la première, sauf empêchement. Toutes les branches d'arbres, à quelque degré de hauteur qu'on les réunisse, sont égales à la grosseur du tronc. Tous les ans, quand les branches des arbres ont achevé de se développer, leur grosseur – si on les réunit toutes – équivaut à celle de leur tronc.

1754

Charles Bonnet

Recherches sur l'usage des feuilles dans les plantes.

Première étude sérieuse sur l'organisation des feuilles.

Il distingue les quatre types encore utilisés aujourd'hui. Linné adopte la même classification. Il observe la nature spiralée et émet l'hypothèse que les feuilles ne se recouvrent que le plus faiblement possible pour permettre la libre circulation de l'air.

vers 1600

Johannes Kepler

Fasciné par la géométrie et par le nombre 5, présent en botanique et absent en minéralogie, il prétend que la suite de Fibonacci est impliquée ("semée") dans la croissance des plantes.

1807

Goethe

Morphologie: Goethe, le poète allemand, est le fondateur de la morphologie végétale (il invente ce mot).

Il tente de construire une plante idéale qui serait la base pour en déduire toutes les autres. Il reconnait une tendance spiralée de la nature. Par contre, il répugne à mathématiser la nature  vivante.

1830

Karl Schimper

Spirale génétique – Analyse arithmétique: Il introduit la notion de Parastiques. Il note que ces spirales sont en 1/3, 2/5 et 3/8, des nombres successifs de la suite de Fibonacci.

Il définit l'angle de divergence en tant que fraction et introduit le nombre d = nombre de cycles autour de la tige, divisé par la quantité de feuilles par cycle.

1835

Allexander Braun

Organisation en double spirale: le cône de pin, comme d'autres plantes, sont organisées en deux types de spirales l'une dextre l'autre senestre; et chacune en quantité comme deux nombres consécutifs de Fibonacci.

1837

Bravais Louis

et Auguste

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Essai sur la Disposition des Feuilles Curvisériées

Réseaux de Bravais – Analyse géométrique: disposition des feuilles sur une sorte de treillis (maillage ou lattice en anglais) posé sur un cylindre.

Notion de spirale génétique et de spirale secondaire. Exemple: si on compte 6 et 16 spirales, la spirale génétique est du type 3/8, le PGCD étant 2). Il note que l'angle de divergence est irrationnel. Le plus courant étant l'angle d'or.

 

Note: Auguste Bravais est le père de la cristallographie.

1848

Lestiboudois

Trouve une relation entre les formes phyllotaxiques et le phénomène de ramification des branches.

1868

Wilhelm Hofmeister

Axiome de Hofmeister – Premières explications mécanistiques: chaque feuille primordiale naît dans le plus grand espace libre immédiatement disponible entre les deux feuilles précédentes.

Travaux en allemand non traduits, sans suite durant cinquante ans.

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1872

Peter Guthrie Tait

Affine les conclusions des frères Bravais.

1873

Airy

Densité maximale de primordia: Airy s'intéresse à la zone de naissance et énonce un principe d'économie d'espace. Désormais, ses successeurs vont se focaliser sur cette zone (méristème).

1875

Julius von Wiesner

Loi de Wiesner: la divergence entre feuilles consécutives est telle qu'elles optimisent  l'exposition à la lumière tout en facilitant leur transpiration. Loi qui s'inscrit dans la lignée de la théorie de l'évolution de Darwin ou encore de la génétique mendélienne.

En 1988, Niklas prouve par simulation sur ordinateurs que le besoin de lumière ne conduit pas nécessairement à l'angle d'or.

1878

Simon Schwendener

Champ de tension (contraintes biophysiques) qui naît autour des primordia, contrôlant la position du nouveau primordium. Base de la théorie reprise par Schuepp en 1966.

Modèle analogique: pour convaincre, il réalise des figures géométriques avec règle et compas et même des appareils mécaniques (sorte de calculateur analogique). Malgré l'imprécision de sa représentation en 2D, son modèle produisit de bons résultats et il sert encore aujourd'hui pour une explication simple du phénomène.

1881

De Candolle

Explication mathématique des théories de Wiesner et de Airy. Les fractions utilisées non pas de fractions médianes (fractions obtenues en ajoutant numérateurs entre eux et les dénominateurs entre eux, donnant naissance à la suite de Farey).

Notion qui, ici, est relative à la combinaison de parastiques. Pour une valeur donnée, en réduisant l'espace des entrenœuds, la fraction médiane va entrer en jeu. Ce serait une manière d'expliquer les transitions entre diverses formes phyllotaxiques dues à des discontinuités ou des instabilités. Les études dans ce domaine reprendront seulement à partir de 1974 avec Adler et d'autres.   >>>

1882

Julius Sachs

Textbook on Botany

Texte de référence durant plusieurs décennies.

Pas de maths en botanique: Sachs considère que les nombres, les fractions, et autre angle d'or ne sont que des visions arbitraires de la réalité, un jeu mathématique! Ce fut un frein au développement de la phyllotaxie théorique.

1904

Church

Théorie équipotentielle de la phyllotaxie: fondée sur l'hypothèse de la spirale logarithmique. L'énergie vitale se comporterait comme l'énergie électrique. Le spirales seraient les équipotentielles, des lignes de forec. Les modélisations contemporaines reprendront ces idées.

Représentation centrée: sections perpendiculaires à l'axe, une représentation, dite polaire, qui sera adoptée durant la période contemporaine à la place de la représentation cylindrique. Les deux sont mathématiquement équivalentes.

1907

Van Iterson

Modèle dense: les primordia se rangent de façon dense autour d'un cylindre. Modèle identique à celui de la pression de contact  engendré par la croissance. Le premier à avoir tenté de comprendre leur lien profond avec la suite de Fibonacci.  Travaux méconnus jusqu'en 1973 (Erikson).

Il étudie les différents agencements de billes autour d'un cylindre de taille variable. Il dessine un diagramme donnat les configurations possibles selon l'angle de divergence d et le rayon du cercle D. 

Son équation, avec alpha, angle de divergence, D le diamètre des sphères placées autour du cylindre:

Sa résolution nécessite une série d'approximations successives.

Suite  >>>

1913

Schoute

 

 

Théorie de la diffusion d'un inhibiteur ou hypothèse d'inhibition de Shoute: le méristème apical, et chacun des primordia en croissance, produit une substance chimique inhibitrice.

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1917

D'Arcy Thompson

On Growth and Form (réédité en 1942)

Premier biomathématicien.

Il prétend que ses prédécesseurs ont sous-estimé le rôle de la physique et de la mécanique dans la constitution des formes des organismes vivants. En phyllotaxie, il retrouve la suite de Fibonacci.

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1920

Lucien Plantefol

Théorie des hélices foliaires. Succès dans les années 1940 puis abandonnée.

En fait, il reproche l'idéalisation géométrique qui permettrait de faire coller la réalité au modèle. Il trouve aussi qu'il existe beaucoup trop d'exceptions. Même idée que Sachs (1882).

La réalité biologique réside dans une seule famille de spirales.

Théorie spirales parallèles reliant les feuilles de deux en deux ou de trois en trois, etc., de manière à ce que l'on tombe toujours sur une spirale définie rigoureusement d'un point de vue géométrique.

Coup de frein jusque dans les années 1960 à la biologie théorique (en France).

1922

Ronald Fisher

Loi de Fisher – loi de probabilité continue: loi générale qui permet en botanique l'étude des plantes avec les outils de la statistique.

Expérimentation par blocs (carrés latins pour établir des plans d'expérience). Méthode qui permet de prendre en compte de multiples paramètres et surtout de minimiser les effets aléatoires.

L'idée est de découvrir quelles sont les causes de la croissance végétale et leur poids relatif.

1931

Snow Mary

et Robert

Théorie du premier espace disponible: reprennent la règle d'Hofmeister (1868) de la première place disponible, et ils ajoutent que: chaque nouvelle feuille doit naître à une certaine distance minimale sous la pointe de l'apex dans un espace d'une grandeur minimale déterminée.

Une théorie mixte qui s'appuie sur une longue série de recherches expérimentales et qui conjugue un facteur mécanique (l'espace disponible) et un facteur d'inhibition. Les époux Snow utilisent la micro-ablation pour démonter leur thèse.

1937

Frits Went et

Kenneth Thimann

Identification et caractérisation de l'auxine, la première phytohormone. Un agent reconnu pour contrôler les réactions des plantes à la lumière, la gravité, à l'hygrométrie, la nervation des feuilles et … les structures phyllotaxiques.

1948

F.J. Richards

Il reprend les travaux de Church, jusqu'alors ignorés.

Ratio plastochrone R: rapport entre les distances de deux feuilles successives à partir du centre du disque et le nombre de parastiques qui se voient le plus.

Un système d'équations modélise la représentation centrée et met en œuvre trois paramètres: le rapport plastochron, l'angle de divergence et l'angle du cône tangentiel au sommet de la zone étudiée.

1949

Wardlaw

Expérience de la fougère coupée: une coupure est pratiquée de part et d'autres d'un primordium. Libéré de l'influence de son voisinage, il se développe plus vite. Expérience contestée par Maksymowych en 1977 sous prétexte de mutilation des cellules.

1951

Richards

1969

Schwabell

Théorie du champ inhibitif: suite aux travaux de Schoute (1913), cette théorie est en opposition avec celle de la  pression de contact d'Adler (1974).

1952

Snow

Conteste partiellement l'hypothèse de Schoute (1913). Les successeurs vont la compléter et la modéliser.

1952

Turing

 

 

 

Turing publie: The Chemical basis of Morphogenesis

Une théorie chimique semblable à celle de Schoute (1913)

Théorie morphogénétique de diffusion-réaction: les substances chimiques en jeu agissent favorisant ou non la croissance selon leur concentration et leur délai d'action, créant un champ de gradients morphogénétiques.

Turing est le premier à faire tourner son modèle sur ordinateur.

Suite >>>

1970

Hisao Honda

Simulation graphique sur ordinateur de la croissance des formes arborescentes (arbres). Langage de l'époque le FORTRAN. Collaboration avec un autre Fisher prénommé Jack, botaniste de terrain.

1974, 1977

Adler

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Théorie de la pression de contact des primordia: chaque feuille croit en diamètre jusqu'à ce quelle touche sa voisine le plus proche, après quoi elle essaie de grandir. Sa simulation montre les limites du modèle.

Théorème fondamental de la phyllotaxie: il vise à clarifier la confusion due à l'observation d'hélices multiples.

Il donne la relation entre le compte des spirales observées dans un réseau cylindrique et l'angle horizontal entre les points successifs verticalement dans le réseau.

Suite >>>

1975

Thorney

1977

Veen-Lindenmayer

1978

Young

Modélisation sur ordinateur: la représentation géométrique de la théorie de la diffusion d'un inhibiteur (Schoute) est difficile sinon impossible. Seule, une simulation dynamique peut témoigner de l'action d'inhibition au fur et à mesure de la naissance des primordia. Ces modèles aboutissent à des résultats qui confirment ce que crée la nature, témoignant que les paramètres pris en compte seraient les bons.

Veen-Lindenmayer reprend le modèle géométrique de Van Iterson(1907) et introduit le concept de gradient chimique. Un réel progrès, car ce modèle prend en compte le facteur temps.

1960

H. Steinhaus

 

 

 

 

 

 

 

Loi de croissance fibonacienne: une branche d'arbre ne produit pas de nouvelle banche durant sa première année de croissance. Ensuite, elle produit une branche une année sur deux. Le résultat est montré sur l'illustration.

Alors, la quantité de branches suit la série de Fibonacci: 1, 1, 2, 3, 5, 8, … Nombre que Fibonacci, lui-même, avait trouvée en comptant les générations de lapins.

1966

Schuepp

Reprend Scwendener

1968

Wardlaw

Reprend la théorie de Turing et l'illustre sur des cas relativement simple.

1972

Coxeter

The Golden Section and Phyllotaxis – 1969

The Role of Intermediate Convergents in Tait's Explanation for Phyllotaxis – 1972.

1974

Meinhardt

Reprend Turing

1981

Rutishauser

Modélisation

1981, 1982

Meicenheimer

Travaux sur l'épitélium

1983

Erikson

Redécouvre et étend les travaux de van Iterson (1907).

1983

Bilan selon

Roger V. Jean

Quatre types de modèles de phyllotaxie

*    Pression de contacts;

*    Premier espace disponible;

*    Diffusion d'un inhibiteur; et

*    Systémique.

Pression de contact: Jean reprend la modélisation basée sur cette notion imaginée par Adler (1973)

1984

Roger Jean

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Reformule le théorème fondamental de la phyllotaxie et lui en donne une interprétation intuitive. En fait, publie énormément sur le sujet.

En 1987, résumé du fruit de ses recherches avancées:

Après une décennie de modélisations mathématiques sur le phénomène de formes spiralées rencontrées sur les plantes, la phyllotaxie, le but de cet exposé est de donner de nouvelles impulsions vers une solution complète. (…)

Des progrès ont été accomplis dans cette direction en faisant les hypothèses suivantes:

*      l'effet final est à chercher dans la minimisation de l'entropie des plantes;

*      les primordia forment un système hiérarchisé ou multi-niveau; et

*      le phénomène de phyllotaxie est avant tout un phénomène évolutionniste.

Nous allons montrer que le modèle développé produit les généralisations annoncées

1985

Rutishauser et

Sattler

Modélisation

1988

Lacroix et Sattler

Modélisation

1991

Leonid Levitov

Modèle de la maximalisation de l'énergie de répulsion: Expérimente un modèle sous contrainte mécaniques et observe la régularité des nombres de Fibonacci

Le modèle est celui des billes densément réparties autour d'un cylindre avec croissance sous contraintes (stress) anisotropiques (croissance axiale lente et radiale rapide comme observée chez les plantes). Levitov (MIT) conclut: this behavior is robust: Fibonacci phyllotaxis is explained.

1992 puis 1996

Douady et Couder

 

 

Simulation numérique des formes phyllotaxiques sur la base notamment des hypothèses de Hofmeister (1868).

Au lieu de se baser sur des critères géométriques pour expliquer l'emplacement des primordia nouveaux, ils utilisent la notion d'énergie minimale.

Ce modèle a l'avantage d'être applicable à d'autres phénomènes qui seraient similaires hors de la botanique.

Modèle du fluide magnétique: une goutte de fluide magnétisée est lâchée régulièrement au centre d'une coupelle, où, se comportant comme des dipôles magnétiques, elles se repoussent mutuellement en migrant vers le bord de la coupelle. Selon le rythme de la chute des gouttes, l'angle de divergence oscille pour converger vers l'angle d'or.

1996

Wagenitz

1996

Green, Steele et Rennich

Démontrent que le stress physique est tout aussi capable de produire les arrangements phyllotaxiques semblables à ceux engendrés par la morphogénèse de Turing.

1998

Douady

Modélisation

2000

Didier Reinhardt et al.

Rôle de l'auxine dans la formation des feuilles, mais pas généralement pour la croissance du méristème.

2002

Atela et al.

Modélisation

vers 2005

C. Kuhlemeier

Répulsion chimique: rôle de l'auxine dans le développement du méristème et la production foliaire. Son accumulation est nécessaire pour initier la formation d’un organe.

2015

Bilan

 

 

 

 

 

 

Modèles sans doute tous équivalents sans que la preuve en soit apportée actuellement:

*    Adler – 1974: maximalisation de la distance minimum entre primordia (pression de contact);

*    Douady et Couder – 1992: principe de l'énergie minimale, une transposition en terme physique de l'hypothèse biologique de Hofmeister ou Snow et Snow;

*    Jean – 1980 et 1994: minimisation d'une sorte de fonction d'entropie sous contraintes; et

*    Levitov – 1991: maximalisation de l'énergie de répulsion.

 

Modèle complet de la phyllotaxie? Aucun n'existe encore.

     Une piste consisterait à tenir compte de l'évolution des espèces et de la génétique, complexifiant encore plus un modèle qui l'est déjà beaucoup. Ce qui est certain, c'est que, à voir la quantité d'articles et de livres sur Internet, ce sujet fascine les chercheurs. Sans doute du fait que c'est un exemple où l'observation est particulièrement nette et la tentation de l'apprivoiser démange la sagacité des chercheurs.

 

 

Note: Dupont et al. pour et alii (pluriel se alius) qui veut dire: et autres personnes.

 

 

Suite

*   Phyllotaxie – Développement

Voir

*  Atomes

*  BiologieIndex

*  Carbone

*  Chlorophylle et magnésium

*  Dualité

*  Éléments chimiques

*  Formation de l'oxygène

*  Particules

*  Respiration humaine

Site

*   Voir Références

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